הכנת הציוד והנחת הקוביות

אין לנו ידיעות ברורות על הדרך בה עבדו הפסיפסאים וכל הנאמר כאן מבוסס על הסתכלות מדוקדקת ברצפות עצמן,  כשהן שלמות או כשהן  הרוסות ואפשר לראות את יסודותיהן.  במקומות שונים נמצאו, על בסיס המלט שמתחת לפסיפס עצמו, קווים חרוטים או מסומנים בצבע.  הרושם המתקבל הוא שהאומן עשה קווי מתאר גסים על גבי הבסיס  ולפעמים  גם סימן שם את הצבעים העיקריים.  לאחר מכן הושם מלט לח לפי קווי הסימון, ובו נקבעו אבני פסיפס.

היו מקרים שבהם הועתק לפסיפס ציור שלם שנעשה בידי הצייר.  הפסיפס המפורסם המתאר את אלכסנדר מוקדון ודריווש, מלך פרס בקרב איסוס, שנתגלה בפומפאי, נעשה לפי דוגמת ציור של צייר יווני שחי כמה מאות שנים לפני יצירת הפסיפס.

לאחר שהניח את כף המלט, לקח האמן קובייה-  קוביה ודחף אותה לתוך המלט הלח במקום המתאים.  יש להשתמש לשם כך במלקחיים, אך יש לשער שבלהט העבודה עבד לעתים קרובות באצבעותיו, למרות שחזר אחר כך הביתה כשידיו כואבות מפצעי הסיד.   הקוביות הושקעו בתוך המלט בצידן המחודד, כשהן בולטות כדי מחצית או שליש.  בהילחץ אבן הפסיפס בכוח לתוך המלט, עולה המלט כלפי מעלה וממלה את הרווחים שבין הקוביות.     לפני שהמלט התייבש, היו האמן או עוזריו לוחצים בסרגל  על המשטח כדי שהקוביות יהיו בגובה אחיד. 

לא תמיד נעשתה העבודה כולה באתר עצמו.  במקום שהאומן יעבוד בבניין עצמו, הוא התחיל להכין את היצירה בבית המלאכה שלו, על גבי לוחות שיש או חרס.  לפעמים הוכנו בבית המלאכה רק החלקים העדינים יותר, כגון פרצופים.  העבודה בבית המלאכה אפשרה התחלת הפסיפס זמן רב לפני שהמבנה היה מוכן, ובאופן זה, כשגמרו הבנאים את מלאכתם, היה הפסיפס כבר מוכן והועבר על גבי הלוחות לאתר ונקבע ברצפה.